古い街並みと、多くの自然の残る地方都市。実は、この街（ワンダーランド）を維持しているのは、魔法世界リルムから来ている管理者である「魔法少女」であった。「管理者」である魔法少女の特権は、新しい世界を作り出せること。しかし、今の管理者である魔法少女アニエス・ベル（浅羽嬉子）は、それを良しとせず、母から受け継いだ「古い世界」を維持していたのだった。
魔法少女は、人を好きになり「キス」をする事で、魔法の力を失ってしまう。嬉子は、27歳という年齢でありながら魔法少女であり続けるために、結婚した旦那である浅羽保とのキスを拒み、すれ違いから別居しているのだった。
主人公である神楽巽は、大学の陸上部に所属していたが、怪我のため就職することになり、嬉子の家に下宿することになる。その頃、魔法世界からも、新しい管理者候補として、クルージェ（紅さやか）がやって来るのだった。巽に恋したクルージェは、ちょっと大人な姿に変身し、巽に心を開いていく。
業を煮やした魔法世界リルムの評議会は、古い世界から「新しい世界」へ強制的に移行させようと、嬉子の指輪を奪おうと画策するのであった。 街が消えるという事は、その街にいる「大切な人」も消えてしまう…。
浅羽と嬉子、アニエスと巽、巽とクルージェ…。それぞれの恋愛感情が交錯しながら、ゆっくりと少しずつ、物語は加速していく…。
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